Il progetto a cui Giovanni Michelucci ha dedicato più impegno negli ultimi 20 anni di vita è stato la costituzione di una Fondazione con "lo scopo di contribuire agli studi ed alle ricerche nel campo dell'urbanistica e della architettura moderna e contemporanea, con particolare riferimento ai problemi delle strutture sociali, ospedali, carceri e scuole".
Preceduta dalla realizzazione del "Centro Studi La Nuova Città" a Fiesole e dal Centro di documentazione Giovanni Michelucci a Pistoia, la Fondazione Michelucci viene costituita il 22 ottobre 1982 con la Regione Toscana e i comuni di Pistoia e Fiesole.
Nel 1998 la Regione lascia la Fondazione, nel 1999 vi aderisce il Comune di Firenze e nel 2023 il Comune di Olbia.
Inoltre, dal 27/01/2005 la Fondazione Michelucci è iscritta nel registro delle Onlus al settore n. 07 “Tutela delle cose con interesse artistico e storico” della Anagrafe ONLUS presso la Direzione Regionale della Toscana.
La Fondazione Michelucci, nominata dall'architetto sua erede universale, si caratterizza come punto di riferimento nella ricerca sui temi dell'habitat sociale e del rapporto fra spazio e società, operando per l'intreccio fra spazio urbano e abitativo con le tematiche chiave della società contemporanea tra cui salute e assistenza, devianza e istituzioni totali, immigrazione e convivenza.
La Fondazione collabora con istituzioni culturali ed enti pubblici in diversi cantieri di ricerca, da cui nascono progetti e proposte che mirano ad innovare le strategie di intervento rispetto ai più scottanti problemi urbani.
Nella sede di Villa “Il Roseto” a Fiesole, tutto racconta la memoria di Michelucci: i disegni, i modelli e le foto delle sue architetture; la biblioteca; i mobili disegnati dal primo dopoguerra agli anni Settanta; le opere e gli oggetti d'arte realizzati dagli amici e dalla moglie.
I materiali della memoria di Giovanni Michelucci hanno richiesto e richiedono molta attenzione per la conservazione e la salvaguardia, ma archiviazioni e schedature hanno prodotto nuovi sviluppi di ricerca, in particolare sul piano della relazione con altri soggetti: dai rapporti con architetti della scena italiana e internazionale, alla raccolta di testimonianze con artisti, lavoratori, imprese, artigiani e collaboratori.
La rivista La Nuova Città, fondata nel 1945, e le altre pubblicazioni, sono anch’esse parte della memoria pubblica del suo pensiero e delle attività della Fondazione stessa.
Infine l’apertura verso la rete non solo toscana degli archivi permette di condividere e costituire una “memoria larga” e trasversale per la lettura di pezzi importanti del Novecento attraversando architettura, arte, teatro, sociologia, filosofia e politica.
Dal 2006 al 2011 è stata conferita alla Fondazione la presidenza di AAA/Italia, l’associazione nazionale degli archivi d’architettura contemporanea.